En primer lugar cabe destacar que esta película a diferencia de la 1era y 2da de esta franquicia, tiene una historia original completamente nueva que utiliza elementos de otros medios, como el manga Nanoha Force (para el nuevo diseño de Bardiche y Raising Heart), y esta es la segunda parte de una historia de dos partes. La primera parte se titula Magical Girl Lyrical Nanoha Reflection. La trama se desarrolla en continuación a la anterior mencionada película (Magical Girl Lyrical Nanoha Reflection) donde se sigue el día a día de dos hermanas, Amitie y Kyrie Florian quienes son habitantes del planeta Eltria. Cuando Kyrie, la hermana menor, se da cuenta de que su padre está muriendo de una enfermedad incurable, se dispone a encontrar el Libro del Cielo Nocturno, un artefacto mágico perteneciente a Yagami Hayate, quien vive en la Tierra. Con el objetivo en la mira, Kirye viaja a la tierra en búsqueda del ya mencionado libro y es seguida por su hermana mayor Armitie, quien quiere evitar que su hermana pequeña cometa un error al tratar de hurtar un objeto mágico ajeno.